我国各地气候不同，人民的生活习惯也不同，酿造出来的腐乳品质也必然不同，但其生产程序都是利用微生物的相互协同作用而进行发酵的，经过微生物产生的酶类(如蛋白酶、肽酶、淀粉酶及脂肪酶等)，把蛋白质转化成可溶性的低分子含氧化合物、氨基酸及脂肪等。

制作方法 绍兴腐乳的生产工艺是以传统操作和科学技术相结合进行的。它采用优质黄豆作为原料，经严格筛选、风选、除杂去残；再经浸泡、冲洗、磨煮、滤渣、点浆、压坯、划坯成型(制成的半成品，要求色泽洁白，厚薄均匀，细软而有弹性)。再将白坯放入竹笼后喷洒万分之二的毛霉菌种(其中棋方腐乳不经毛霉发酵)；在20℃左右的气温下，经5天左右的前期发酵(随着气温的改变、发酵时间作相应调整)，毛霉生长较快，逐渐由白色转为黄褐色，孢子明显、菌丝粗壮，经显微镜检查无其他杂菌污染毛坯(或称酵坯)即可腌渍，加盐量为毛坯的30%，一层毛坯加盐一层，红方用人缸腌渍，醉方用竹箩腌渍、在室温20℃左右的情况下，经10天腌渍即成腌坯(碎方腌渍时间可适当缩短)。正常腌坯色泽黄亮、坚硬，四角方整，由毛霉形成一层表皮，即可装入坛中，进行后期发酵。入坛时加入佐料即黄酒30%、红曲浆5%，酱籽11%及花椒等，用荷叶封口后堆叠，在25～30℃环境下，经5～6个月即可成熟。正常成品外观紫红色，内呈酱黄色，质地细软，有腐乳特有芳香和含有较高的氨基酸态氮。

绍兴腐乳在生产中对所用的毛霉菌都经过严格检验，在无杂菌的情况下使用。对选择原辅料的优质，也都是很重视；腐乳装坛时添加的黄酒，是有名的绍兴老酒，能防止毛霉继续生长和杂菌污染。当然醇还可以和有机酸结合成酯类，增加腐乳的风味。用的盐是海盐，这种盐洁白、镁的含量少、无涩味，较鲜美能促进食欲，不过它还有一个重要的作用，那就是浸提结合于毛霉菌丝上的蛋白酶。还有腐乳在生产过程中用的是鉴湖水。据有关部门测定，鉴湖水是软水，淡水，它含有钙、钾等元素，还有微量的锂，这些化学成分也是提高腐乳质量的一个因素。为了保证产品质量，绍兴腐乳在生产过程中还自制优质红曲和面酱，作为产品的辅料。